Existen dos principales teorías con respecto del origen de los virus. Una teoría propone que los virus son consecuencias de la degeneración de microorganismos (bacterias protozoarios y hongos) que alguna vez fuero parásitos obligatorios de otras células a tal grado que se convirtieron en parásitos intracelulares y perdieron paulatinamente todos los componentes necesarios para desarrollar un ciclo de vida libre independiente de la célula hospedera.
La otra teoría propone que los virus son el equivalente a genes vagabundo. Es probable que algunos fragmentos de ácido nucleído hayan sido transferidos en forma fortuita o una célula perteneciente a una especie diferente a la que pertenecen dichos fragmentos, los cuales en lugar de haber sido degradados (como ocurre generalmente) por causas desconocida podrían sobrevivir y multiplicarse en la nueva célula hospedera.
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